一、背景
为深入贯彻习近平生态文明思想，从源头上系统开展流域生态环境保护和修复，加强环境基础设施建设，加快解决水环境突出问题，不断提高生态环境治理体系和治理能力现代化水平，南通市生态环境局等十一部门联合印发《南通市重点流域水生态环境保护“十四五”规划》，推动“十四五”时期全市水生态环境质量持续改善。
二、“十三五”期间工作成效
“十三五”以来，南通市水生态环境保护全面贯彻习近平生态文明思想，全面实施《水污染防治行动计划》，认真落实习近平总书记关于长江经济带“共抓大保护，不搞大开发”的重要指示精神，着力打好碧水保卫战，水环境质量明显改善。
十三五”以来，南通市中心城区66平方公里内主要河道水质由劣V类提高到Ⅲ类，长江水Ⅲ类进城Ⅲ类出城，2019年底市区城市建成区基本消除黑臭水体，2020年底县级城市建成区基本消除黑臭水体。2016~2020年，南通市共有70个市考以上断面（含31个省考以上断面），全市优Ⅲ类比例由52.2%提高到97.1%，劣Ⅴ类比例由7.14%到全面消除劣Ⅴ类。31个省考以上断面（含5个国考断面），全市优Ⅲ类比例由71.0%提高到93.5%，优Ⅲ类比例提升幅度居全省第1位。2019、2020年全市省考以上断面及主要入江、入海河流断面均稳定消除劣Ⅴ类，完成考核目标。全市4个在用、4个备用集中式饮用水水源地水质达标率为100%。
三、规划总体设计
1.三水”统筹，系统治理
坚持山水林田湖草是一个生命共同体的科学理念，统筹水资源、水生态、水环境，系统推进工业、农业、生活、航运污染治理，河湖生态流量保障，生态系统保护修复和风险防控等任务。
2.突出重点，有限目标
以群众身边的水环境污染、水生态破坏、生态流量匮乏等突出生态环境问题为重点，提出“十四五”期间切实可行的目标。
3.实事求是，因地制宜
客观分析南通水生态环境质量状况、生态环境保护工作基础和经济社会发展现状，结合各河流资源禀赋等不同特点，系统设计针对性任务措施。
四、规划任务要求
1.障水源地水质安全
加强集中式饮用水源地管护，强化水源地规范化建设与监管工作，确保县级以上集中式饮用水源地水质优良率保持100%。
2.强化流域系统治理
持续推进城区水质提升，全面治理县（市）黑臭水体，严格水环境精细化管理，加强入河入江排污口溯源整治和管理。
3.持续推进污染减排
开展工业、城镇、农业、交通等各类污染源治理，优化产业布局，从源头减少污染排放。将省下达“十四五”主要指标减排任务分解至各县（市、区）。
4.着力保障水资源安全
以保障生态流量（水位）为根本出发点，强调加强区域再生水循环利用体系建设，结合闸坝及调度、深化节水，解决河流生态水量不足的问题。
5.积极开展水生态保护与修复
推进重要生态系统修复及长江生态环境保护修复，积极创建美丽河道，加强水生生物资源养护、评估。
6.有效防范水环境风险
强化水环境风险综合管控、水源地环境风险防范及水生生物安全管理。
7.建设现代化治理能力与体系
着力提升水生态环境执法监管能力、水生态环境监测监控能力，深化水环境区域补偿，推动建立全流域联防联控机制。
五、保障措施
从强化组织领导、分解落实任务、加强评估考核、保障资金投入、增强科技保障、引导公众参与等六个方面，明确规划实施保障体系，推动规划任务落到实处，确保规划目标圆满完成。